Le conseil scientifique est composé de membres nommés en raison de leur compétence dans le domaine de la transfusion sanguine, pour une durée de trois ans renouvelable par arrêté du ministre chargé de la santé. Le ministre chargé de la santé nomme le président du conseil scientifique parmi les membres de ce conseil.

Le conseil scientifique se réunit au moins trois fois par an, sur convocation de son président, à son initiative ou à la demande du président de l’EFS ou de celle du directeur général de l’INTS.

Le directeur général de l’INTS peut, de sa propre initiative ou à la demande du conseil d'administration, consulter le conseil scientifique sur toute question de nature médicale, scientifique ou technique ayant une incidence sur l'exercice des missions de l'établissement.

Le conseil scientifique peut transmettre au président de l'établissement des observations sur toute question de nature médicale, scientifique ou technique ayant une incidence sur la qualité ou la sécurité de la transfusion sanguine. Il participe à la définition de la politique de recherche en transfusion sanguine et à l'évaluation des programmes de recherche conduits par l'établissement.

Les avis du conseil scientifique sont transmis au président de l'établissement qui les communique au conseil d'administration.

• M. André Lienhart, professeur des universités, service d'anesthésie-réanimation, hôpital Saint-Antoine et hôpital Rothschild, Paris ;

• M. Alain Bernard, professeur des universités (immunologie), service d'immunologie, centre hospitalier universitaire de Nice ;
• Mme Agnès Buzyn, professeure des universités, service d'hématologie, hôpital Necker, Paris ;
• M. Marc Bonneville, directeur de l'unité INSERM 463, institut de biologie, Nantes ;
• M. Marc Delpech, professeur des universités, service de biochimie génétique, hôpital Cochin, Paris ;
• M. François Denis, professeur des universités (biologie), service de bactériologie-virologie-hygiène, centre hospitalier universitaire de Limoges ;
• M. Christian Devaux, directeur du département des sciences de la vie du CNRS ;
• M. Luc Douay, professeur des universités (hématologie), service d'hématologie biologique, hôpital Armand Trousseau, Assistance publique-hôpitaux de Paris ;
• M. Frédéric Galacteros, professeur des universités (biochimie génétique), service de médecine interne, unité des maladies génétiques du globule rouge, centre hospitalier universitaire Henri Mondor, Créteil ;
• Mme Danielle Sondag-Thull, médecin spécialiste en biologie clinique, directrice générale du service du sang de la communauté francophone de la Croix-Rouge de Belgique.